Biologische Gewässerqualität der Seen
Durch die Einführung der Wasserrahmenrichtlinie im Jahr 2000 wurde zur Beurteilung des ökologischen Zustands bzw. Potenzials eines Gewässers ein neuer Bewertungsansatz vereinbart. Er bezieht alle für einen See relevanten Organismengruppen ein. Dafür wurden entsprechende biologische Bewertungsverfahren entwickelt, die in einer fünfstufigen Skala (sehr gut bis schlecht) Auskunft über den Zustand des Gewässers geben. Die schlechteste Komponente gibt dabei den Ausschlag (worst case). Für Seen werden Phytoplankton, Makrophyten und Phytobenthos als eine zusammengehörende Komponente sowie an den großen Seen Makrozoobenthos bewertet. Zusätzlich werden noch die Fische an den Seen des Überblicksmessnetzes mit einbezogen.
2018 wurden im Rahmen des Monitorings für die Wasserrahmenrichtlinie acht Seen in der Ökorgion Mittelgebirge biologisch untersucht. Neben dem Phytoplankton, das an der tiefsten Stelle des Sees entnommen wird, wurden auch die Makrophyten und benthischen Algen (Phytobenthos) im Uferbereich kartiert. Den guten Zustand erreicht nur der Igelsbachsee. Alle anderen untersuchten Seen verfehlen den guten biologischen Zustand teilweise deutlich. Der Eixendorfer See wurde in den Vorjahren aufgrund von Baumaßnahmen abgelassen, so dass sich hier der Zustand der biologischen Komponenten erst wieder konsolidieren muss. Die Makrophytenbewertung war daher 2018 nicht gesichert möglich.
In den Ökoregionen Alpen bzw. Alpenvorland wurden elf Seen untersucht. Den guten Zustand erreichen Königssee, Langbürgener See, Pilsensee, Sylvensteinsee, Tachinger See und Walchensee. Der Walchensee als erheblich veränderter See wird im Gesamtzustand als gut eingestuft, obwohl Phytoplankton und Makrophyten/Phytobenthos sehr gute Werte erreichten. Den guten Zustand verfehlen fünf Seen.