Die Mückenfledermaus ist über fast ganz Europa verbreitet. Im Norden erreicht sie den 63. Breitengrad, im Osten die Ukraine und das westliche Russland. In ihrem Verbreitungsgebiet kommt sie häufig sympatrisch mit der Zwergfledermaus vor. Details ihrer Verbreitung sind jedoch noch unzureichend bekannt, da sie erst vor wenigen Jahren als eigene Art erkannt und von der Zwergfledermaus unterschieden wurde.

In Deutschland ist die Art vermutlich überall präsent, aber im Norden häufiger als im Süden. Die Kenntnisse über die Verbreitung der Mückenfledermaus in Bayern sind noch gering. Prinzipiell ist sie im ganzen Land mit Ausnahme der Hochlagen der Alpen zu erwarten. Kolonien wurden bislang in Dillingen, Landshut, im Raum Passau, im Landkreis Donau-Ries und in Lindau gefunden, doch gibt es eine Reihe weiterer Fortpflanzungsnachweise durch den Fund von Jungtieren. Insgesamt ist sie aber wohl deutlich seltener als die Zwergfledermaus.

Die Mückenfledermaus ist besonders in gewässer- und waldreichen Gebieten zu finden. Hierzu zählen besonders Flussauen mit Auwäldern und Parkanlagen in der Nähe von Gewässern. Auch relativ offene Kiefernwälder mit Teichketten und alte Laub- und Mischwälder werden genutzt.

Kolonien von Mückenfledermäusen wurden in Spalträumen an Gebäuden wie Fassadenverkleidungen oder hinter Fensterläden gefunden. In Nordostdeutschland wurden natürliche Kolonien in den Spalten abgebrochener Bäume beobachtet. Daten zur Fortpflanzung liegen aus Bayern bislang kaum vor. Zwillingsgeburten scheinen häufig zu sein. Die Männchen der Mückenfledermäuse locken nach der Aufzucht der Jungtiere mehrere (beobachtet wurden bis zu zwölf) Weibchen mit Balzrufen und Balzflügen zu ihren Balzquartieren (Baumhöhlen oder Nistkästen). Generell scheinen die Kolonien der Mückenfledermaus individuenreicher als die der Zwergfledermaus zu sein. In Nürnberg waren Mückenfledermäuse an Invasionen der Zwergfledermaus beteiligt.

Über die Winterquartiere dieser Fledermausart ist nur wenig bekannt. Die wenigen Funde in Bayern bzw. Deutschland befanden sich hinter Baumrinde sowie an Gebäuden hinter Wandverkleidungen, in Mauerspalten und in Zwischendecken.

Für die Jagd bevorzugen Mückenfledermäuse gewässernahe Wälder und Gehölze, z. B. Kleingewässer in Wäldern, Ufergebiete mit Schilfzonen oder Gehölzen. Sie jagen aber auch in Parkanlagen oder anderen Baumbeständen in Siedlungen. Meist halten sie bei ihrem schnellen und wendigen Flug Abstände von einem bis wenigen Metern zum Gehölz. Ihre Beute sind meist kleine Fluginsekten (hauptsächlich Mücken). Auch an Insektensammelpunkten wie unter Straßenlampen oder großen Bäumen gehen sie gezielt auf Beutefang. Schlagopfer an Windenergieanlagen zeigen, dass sie auch in höheren Bereichen jagen kann oder Quartiere sucht.

• Beeinträchtigungen/Zerstörung der Wochenstubenquartiere an Gebäuden durch unsachgemäße Renovierungsmaßnahmen (z. B. Holzschutz, Streichen von Fensterläden im Sommer, Wärmedämmung) oder Vertreibung
• Zerstörung der Winterquartiere durch Gebäuderenovierungen oder Sanierungsmaßnahmen (v. a. Altbausanierung, Verschluss von Mauerfugen etc.)
• Verluste von Quartieren an Bäumen, speziell in Auwäldern, durch Nutzung von Altholzbeständen und Mangel an Biotopbäumen in ausreichend hoher Dichte; im besiedelten Bereich möglicherweise auch durch Baumsanierungen
• Möglicherweise gelegentlich hohe Mortalitätsrate bei den spätsommerlichen Invasionen, ähnlich wie bei der Zwergfledermaus
• Gifte im Jagdgebiet (Insektizide, Herbizide) und in den Quartieren (Holzschutzmittel)
• Unfälle im Straßenverkehr, an Windkraftanlagen, Katzenopfer

• Verbesserung der Lebensraumqualität von Auwäldern und gewässernahen Wäldern: Extensivierung der Nutzung, Förderung von Altholz bis hin zum Nutzungsverzicht
• Erhaltung / Förderung von Biotopbäumen und anbrüchigen Bäumen in ausreichender Anzahl, insbesondere von abgebrochenen Baumtorsos
• Förderung von (Klein)Gewässern in Wäldern
• Anlage neuer (unzerschnittener) linearer Strukturen zwischen Wochenstuben und Nahrungshabitat (benötigt lange Vorlaufzeit)
• Sicherung und Bereitstellung von Winterquartieren in (historischen) Gebäuden, d. h. Erhaltung / Ermöglichung der Zugänglichkeit und der Mauerspalten und -hohlräume

Die beiden Schwesterarten Zwergfledermaus und Mückenfledermaus konnten erst im letzten Jahrzehnt des vorigen Jahrhunderts unterschieden werden. Bei Auswertungen von Literatur und Artnachweisen zwischen 1990 und 2000 ist zu beachten, dass die Mückenfledermaus noch nicht als eigene Art erkannt wurde.

Die Mückenfledermaus kann leicht mit der Zwergfledermaus verwechselt werden. Ein hilfreiches Unterscheidungsmerkmal der beiden Arten besteht darin, dass die Endfrequenz der Rufe der Mückenfledermaus bei etwa 55 kHz, die der Zwergfledermaus bei etwa 45 kHz liegt.

Die Mückenfledermaus gilt in Bayern als seltene, aber ungefährdete Art.

Meschede, A. & B.-U. Rudolph (Bearb.) (2004): Fledermäuse in Bayern. - Ulmer, Stuttgart.

Meschede, A. & B.-U. Rudolph (2010): 1985 - 2009: 25 Jahre Fledermausmonitoring in Bayern. - Schriftenr. des Bayerischen Landesamtes für Umwelt. Augsburg.

Mückenfledermaus, Arten des Anhang IV der FFH-Richtlinie, BfN

Fledermäuse an Gebäuden, LfU

Fledermäuse im Wald, BfN & DVL (pdf)

Naturschutz mit der Kettensäge, ANL